精华帖 | Caret 5中文简明教程
高磊 译
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一、软件介绍
Caret(Computerized Anatomical Reconstructionand Editing Toolkit)是一个由Van Essen实验室开发的用于大脑绘图和神经影像学的应用软件，具有多种强大的功能，本教程仅简单介绍在Caret上呈现结果的步骤： A)打开高分辨率的解剖底图，B)转换fMRI的统计结果图片格式使之能够在Caret上呈现，C)在Caret里面呈现和保存结果。下面将列出详细步骤，你会发现在五分钟之内就能在Caret上做出酷炫的结果！
二、Caret专用术语
Caret软件的名词术语不同于词典上常见的意思，有专用的名词术语，主要包括以下：
Scene: 场景图像，即解剖底图，包括标准的、膨胀的和吹平的三种模式。
Spec file: 用户自主设定、容易识别的特定解剖图像（参数）。(e.g.PALS_B12.BOTH-HEMS.STANDARD-SCENES.73730.spec，是用12个人的图像做出的一个模板。)
Metric: 经过转换的结果图像。
DC: Display Control。
三、Caret软件的下载和安装
1) 首先在Caret官方网站注册并且下载安装文件caret_distribution**：
http://brainvis.wustl.edu/wiki/index.php/Caret:Download
2) 接着，下载surface maps, 或者场景scenes等文件: http://sumsdb.wustl.edu/sums/directory.do?id=6585200
下载文件:CARET_TUTORIAL_SEPT06.zip. 虽然被称作“教程”（tutorial）但对于程序的运行却至关重要！
3) 将 CARET_TUTORIAL_SEPT06文件夹放到Caret安装文件program/application 文件夹下。
四、在Caret上绘制统计结果
A) 打开解剖底图——Spec文件 - 共7步
1) 点开菜单（menu）选项 "File"
2) 选择 "Open Spec File"
3)在Caret安装文件夹 (in programs/applications) 选择"PALS_B12.BOTH-HEMS.STANDARD-SCENES.73730.spec"
(注意: 这也是metric文件保存的位置。)
一个新的界面将会打开
4) 点击"Select All" 选项
5) 点击 "Load Scene(s)"
DISPLAY CONTROL 界面将会被打开
6) 点开选项 "INFLATED, STANDARD, contrast (PALS-B12,BOTH-Hems)"
(注意: 任意选项都会正常工作, 但这是标准选项。)
7) 点击 "Apply"
B) 转换fMRI 结果图像格式以便在Caret上呈现 - 共34步
首先转换fMRI结果图像使之可以在上显示（需要将统计结果的clusters保存下来，作为volume图像）。要牢记保存每一侧大脑半球的结果，同时，这些的结果将会被保存到 CARET_TUTORIAL_SEPT06文件夹下（如jpg格式图片形式）, 所以建议给结果图片命一个容易识别的名字。
将统计结果clusters volume准备好，放到一个新的文件夹待用。
1) 点开menu选项"Attributes"
2) 选择 "Map Volume(s) to Surface(s)"
Data Mapping Type 窗口打开
3) 选择Data Mapping类型:"Metric (功能的) 或Surface Shape Data" (默认的)
4) 点击 "Next"
选择窗口将会打开
5) 点击 "Add Volumes from Disk"
6) 找到你的统计结果图像并且选择一个.hdr文件[a]
7) 点击 "Open"
8) 这时将会出现 WARNING 信息.点击 "OK"
9) 点击 "Next"
a.注意：Volumes文件是fMRI的统计结果文件，可以在REST(Resting-State fMRI DataAnalysis Toolkit，http://www.restfmri.net) Sliceviewer里面对统计结果save clusters，将这个统计结果覆盖到Caret的解剖底图上。
Spec File and Surface Selection 将会被打开 (另一侧大脑半球也是重复这7步)
10) 点击"Map to Spec File With Atlas..."
11) 选择"PALS-B12,BOTH-Hems.STANDARD-SCENES.73730.spec"
12)点击 "Open"
在MappingAtlas标题下, 你就可以选择Space和Atlas
13) Space:使用SPM版本 (如SPM2/5/8) 或默认设置(711-2B)
14) Atlas:选PALS_B12 Multi-Fid Map LEFT hemisphere (73730 nodes),
Multi-FiducialMapping Metric输出
15) 保留默认参数(Show Mapping to Average Fiducial Surface, ShowAverage of Mapping to All Multi-Fiducial Cases)
16)点击 "OK"
17) 点击 "Map to Spec File With Atlas..."
18)选择另一侧半球 PALS_B12 Multi-Fid Map RIGHT hemisphere (73730 nodes)，重复11-16步
19) 点击"Next"
Data File Naming 窗口将会被打开
<这部分也许是整个过程中最容易让人犯迷糊的地方，注意要分别保存两个大脑半球的信息文件，不要混淆哦！最好能在图片名上标有时间和日期。>
一般信息
Surface Family: 选择左或右半球
Data file: 更改文件名
Data columns: 见15步
20)Surface Family: 选择LEFT hemisphere (defaultoption)
21) DataFile: 给文件添加前缀(INITIALS_CONTRAST_) and copy the entire name
22) 点击 "Data File..."
23)粘贴你的文件名
24)点击 "Save"
25)Surface Family: 选择RIGHT hemisphere (secondoption)
26) 点击 "Data File..."
27) 粘贴和替换文件名，删除 "LEFT"; 用"RIGHT"替换
28) 点击 "Save"
29)点击"Next"
绘图计算窗口将会被打开
30) 选择: "METRIC_ENCLOSING_VOXEL" (默认格式)
31)点击"Next"
小结窗口将被打开
32) 点开 "Finish"
33) 观察奇迹出现
34) 点开 "Close"
C)在Caret里呈现和保存结果
在Caret里呈现结果
1) 点击菜单选项 "File"
2) 选择"Open Data File"
3) 分别选择左右大脑半球的文件名
4) 连续点 "OK" "OK" "OK""OK"
在DisplayControl 窗口,需要完成3个"Page Selections"
5) 页面选项1: "Overlay/Underlay - Surface"
UnderPrimary Overlay
6) DataType: 改成 "Metric"
7) 页面选项2: "Metric Selection"
8) Check"Apply Metric L-toL. R-to_R Matching to Coord Files
9) Check #View corresponding to "AFM Left" (右侧将会自动选择)
10) 点"Apply" <这时你应该会看到自己的结果了>
11) 页面选项3: "Metric Settings"
12)在Color Mapping下,点: "User Scale"
13) 为你的结果添加阈值 (注意：增加阈值会降低激活水平！可以根据Xjview等的结果调整t值)
保存Caret的结果
在主界面一次只能保存一个半球的结果。
1)点击目录选项"File"
2) 选择: "Capture Image of Window..."
3) 检查 "Save to File"
4) 输入文件名(Contrast_hemis_angle)
5) 点击 "Capture"
6) 点击 "OK"
这样绘制的结果就以图片的格式保存到了CARET_TUTORIAL_SEPT06 的文件夹下面。
7) 点击 "SWAP" 键盘buttonin the non-primary display window to toggle between hemispheres when capturingimages
注意: 要改变surface类型, 选择不同的 "Model"
参考文献：
[1]严超赣.Caret_SimpleUsage.http://www.restfmri.net
[2]David C. Van Essen, John Harwell，Donna Dierker，et al.Caret Tutorial
[3]R.N. Spreng，W.D. Stevens.Caret 5: DisplayingfMRI images on surface maps
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